Inicialmente este caserío recibió el nombre de Picure, debido al gran número de  animales  de esa especie que existían en esa región, pero como la comunidad era y sigue siendo  de costumbres religiosas arraigadas, decidieron cambiarle el nombre  por San Rafael  en honor al santo de ese nombre cuya festividad se celebra el 24 de Octubre de cada año.  El cambio de nombre se  oficializó el 24 de Octubre de 1942, fecha  a partir de la cual comenzaron a celebrar sus fiestas patronales.

Los primeros fundadores conformados por las familias Rojas, Vivas, González y Zambrano  llegaron a esa región en  1932 consiguiéndose una tierra rica para cultivar en las riberas del río.  Para poderse comunicar con San José de Bolívar y otros asentamientos cercanos construyeron  caminos que poco a poco sustituyeron las trochas,  para ello realizaron convites en donde participaron todos los habitantes de la comunidad. Como no podían descuidar sus tareas diarias, trabajaban en esos convites los fines de semana y días de descanso, sin ningun tipo de maquinaria sólo con sus machetes, palas, picos y los animales de carga. Fue para 1970 cuando se empezó la construcción de la carretera, teniendo actualmente la comunidad una carretra pavimentada en un 80%.

También construyeron mediante convites, canales hechas con palos de mata de fique y maguey para lograr que el agua llegara de las quebradas y nacientes de agua hasta las casas, es en 1967 cuando a la  comunidad le constuyeron el acueducto que hoy día beneficia a casi la totalidad de las viviendas de agua potable.

Como para ese entonces no tenían alumbrado eléctrico, se alumbraban con lámparas de aceite de tártago con mechones de algodón que ellos mismos cultivaban, y en  1977 llega hasta San Rafael el tendido de energía eléctrica.

Las primeras casas, algunas todavía existen, fueron construídas con tierra pisada sus paredes,  los techos los construían con cañuto y teja. Esta última también fabricada en la comunidad.  Las camas eran catres construídos de madera, al igual que todos los muebles y los colchones eran chingaleas tejidas por ellos mismos. Igualmente fabricaban el jabón de pipa o ceba y la legia, ambos produtos usados para el lavado de la ropa.

Construyeron molinos de piedra movidos por agua, para moler la caña y fabricar la panela  y  cimbras que se movían también con agua;  éstas últimas se  usaban para trillar el café, algunas de las cuales todavía se conservan.  En resumen, su actividad diaria giraba en torno a la agricultura y la ganadería. Cultivaban la caña panelera, el café, los guineos, el algodón, el tártago, el apio, la yuca entre otros y criaban ganado vacuno, puercos, y aves de corral. 

Para  1967 empezó a funcionar una escuela en casa  del señor Rafael Zambrano, y su sede definitiva   se empezó a construir en 1972, contando hoy con una escuela con instalaciones modernas con cancha de usos múltiples y comedor. Se recuerda como la primera maestra que llegó a esta comunidad a  la Sra. Ana Pulido Garcia. Junto con la construcción de la escuela se inició también la construcción de la capilla.